Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- a -

• ALLOW_UNALIGNED_READS : SpookyV2.cpp
• assert_file_exists() : patternmodeller.cpp

- b -

• B32 : common.h
• begin() : benchmarks.cpp
• bitmask : common.h
• buildbuffer : classencoder.cpp
• buildbuffersize : classencoder.cpp
• bytestoint() : classdecoder.h , classdecoder.cpp , classdecoder.h
• bytestoint_v1() : classdecoder.h , classdecoder.cpp

- c -

• COMPACT : patternmodel.h
• comparemodels_loglikelihood() : patternmodel.cpp , patternmodel.h , patternmodel.cpp
• compute_skip_configurations() : algorithms.cpp , algorithms.h
• convert_v1_v2() : classencoder.h , classencoder.cpp
• countwords() : classencoder.h

- d -

• datacategory() : pattern.cpp
• dataout() : pattern.cpp
• datasize() : pattern.cpp
• datatostring() : pattern.cpp

- e -

• end() : benchmarks.cpp

- f -

• FLEXGRAM : pattern.h
• FLEXPATTERN : pattern.h

- g -

• get_consecutive_gaps() : algorithms.cpp , algorithms.h
• get_extension() : common.h , common.cpp
• getCurrentRSS() : benchmarks.cpp
• getdataversion() : classdecoder.h , classdecoder.cpp
• getmodeltype() : patternmodel.cpp , patternmodel.h
• getPeakRSS() : benchmarks.cpp

- i -

• INDEXEDPATTERNMODEL : patternmodel.h
• INDEXEDPATTERNPOINTERMODEL : patternmodel.h
• IndexPattern : patternstore.h
• INLINE : SpookyV2.h
• inttobytes() : classencoder.cpp , classencoder.h
• inttobytes_v1() : classencoder.h , classencoder.cpp

- l -

• listproduct() : common.cpp , common.h
• listsum() : common.cpp , common.h

- m -

• main() : benchmarks.cpp , classdecode.cpp , grep.cpp , classencode.cpp , extractngrams.cpp , patternmodeller.cpp , test.cpp , comparemodels.cpp
• mainpatternbuffer : pattern.cpp
• MAINPATTERNBUFFERSIZE : pattern.h
• mask2vector() : algorithms.cpp , algorithms.h
• maskheadskip() : algorithms.h , algorithms.cpp
• masktailskip() : algorithms.h , algorithms.cpp
• ModelType : patternmodel.h

- n -

• NGRAM : pattern.h
• NONE : patternmodel.h

- o -

• orderedinsert() : common.cpp , common.h

- p -

• PATTERN : pattern.h
• PATTERNALIGNMENTMODEL : patternmodel.h
• PatternCategory : pattern.h
• patternfromfile() : pattern.cpp , pattern.h
• PATTERNPOINTER : pattern.h
• PATTERNSETMODEL : patternmodel.h
• PatternType : pattern.h
• processmodel() : patternmodeller.cpp
• processquerypattern() : patternmodeller.cpp
• processquerypatterns() : patternmodeller.cpp

- q -

• querymodel() : patternmodeller.cpp
• QUICK : patternmodel.h

- r -

• readanddiscardpattern() : pattern.cpp , pattern.h
• readanddiscardpattern_v1() : pattern.cpp
• reader_passmarker() : pattern.h
• readline() : classdecoder.h , classencoder.h
• ReverseIndexType : patternmodel.h
• reversemask() : algorithms.cpp , algorithms.h

- s -

• SKIPGRAM : pattern.h
• SKIPPATTERN : pattern.h
• split() : common.cpp , common.h , common.cpp
• strip_extension() : common.h , common.cpp

- t -

• t_hashorderedpatternset : patternstore.h
• t_patternset : patternstore.h
• t_relationmap : patternmodel.h
• t_relationmap_double : patternmodel.h
• t_relationmap_double_iterator : patternmodel.h
• t_relationmap_iterator : patternmodel.h
• test() : test.cpp
• testgt() : test.cpp
• trim() : common.cpp , common.h

- u -

• uint16 : SpookyV2.h
• uint32 : SpookyV2.h
• uint64 : SpookyV2.h
• uint8 : SpookyV2.h
• UNINDEXEDPATTERNMODEL : patternmodel.h
• UNINDEXEDPATTERNPOINTERMODEL : patternmodel.h
• UNKNOWNPATTERN : pattern.h
• usage() : extractngrams.cpp , comparemodels.cpp , patternmodeller.cpp , grep.cpp , classdecode.cpp , classencode.cpp
• utf8_strlen() : classencoder.cpp

- v -

• vector2mask() : algorithms.cpp , algorithms.h
• viewmodel() : patternmodeller.cpp